プロジェクトの Packages フォルダーの下に表示されるパッケージはすべて、そのプロジェクトに埋め込まれています。通常、新しいパッケージを作成するときは、開発中にプロジェクトに埋め込みます。他のユーザーと共有し、他のプロジェクトでテストする準備ができたら、スコープパッケージ レジストリに公開できます。
独自のカスタムパッケージを作成する方法に従って、Packages フォルダー下のフォルダー内にパッケージコンテンツを作成することで、新しいパッケージを埋め込むことができます。また、Package Manager Scripting API を使って既存のパッケージを埋め込むこともできます。詳細は、パッケージをプロジェクトに埋め込むを参照してください。
埋め込まれたパッケージはプロジェクトマニフェストに依存関係として表示されません。ただし、 Client.Embed 方法を使用してインストール済みパッケージのバージョンを埋め込んだ場合は、プロジェクトマニフェストに元のインストール済みバージョンの依存関係が表示されます。その場合、ディスク上のパッケージが依存関係としてリストされているパッケージのバージョンよりも優先されます。例えば、プロジェクトマニフェストがパッケージ X のバージョン 1.3.1 の依存関係を指定している場合に、プロジェクトにもその名前の埋め込みパッケージがあると、それが如何なるバージョンでも、レジストリから最新のバージョンがダウンロードされる代わりに、埋め込まれたパッケージが使用されます。
埋め込まれたパッケージのコンテンツとそれに加えた変更を追跡するのは、ユーザー自身の責任です。Unity プロジェクトがソース管理下にある場合は、そのプロジェクトに埋め込まれたパッケージも同じソース管理下に追加する必要があります。