カメラの以下のプロパティを変更し、スクリプトを使ってカメラごとにスプライトをソートすることができます。
TransparencySortMode (Transparency Sort Mode に対応)
TransparencySortAxis (Transparency Sort Axis に対応)
例:
var camera = GetComponent<Camera>();
camera.transparencySortMode = TransparencySortMode.CustomAxis;
camera.transparencySortAxis = new Vector3(0.0f, 1.0f, 0.0f);